巍峨壮观、绵延起伏、蜿蜒于南疆地区周围的咯喇昆仑山，西昆仑山以及与之相连的帕米尔高原，不仅构成了南疆地区独特的自然地貌，而且是形成众多高山湖泊的源泉。正是由于它们的存在，制约和影响着新疆河流的发源、流向以及新疆气候的冷暖干湿。

喀喇昆仑山位于喀什地区西南，中国与克什米尔地区之间，是一条自西向东南走向的山脉。它西起阿富汗的瓦罕走廓南侧，与兴都库什山脉交接，南止于中国与印度间的空咯山口。长约800公里，宽约240公里。平均海拔5500米以上。在喀什地区境内长约280公里。自印度河上游以北，叶尔羌河上游的热斯喀木河以南，为这一山系的实际范围。

喀喇昆仑山岩峭峻，巨峰拱列，犹如万笏朝天。海拔在8000米以上的14座高峰中，有4座便坐落在咯喇昆仑山脉之中，其中海拔8611米的主峰乔戈里(塔吉克语意为“巨大的高峰”)是仅次于世界最高峰珠穆朗玛的世界第二高峰。由于喀喇昆仑山的地势比喜玛拉雅山区略低，海拔在6000米以上的地带比较广阔，加之山间与山体主脉平行的纵形谷地，因而冰川区域较大。乔戈里峰北坡著名的音苏盖提冰川，长40.2公里，是我国境内已知的最长的现代冰川，成为帕米尔地区众多河流的重要源泉。新疆境内的喀喇昆仑山为山脉的东北坡，乔戈里峰北坡的冰雪融水形成泽拉甫香河，而这条河是叶尔羌河重要的补给来源。喀喇昆仑山口到空喀山口段东坡的冰雪融水，则为和田河西源的重要补给来源。喀喇昆仑山区的一些山口，历史上也是中外商旅往来的国际商道。

西方人把过去这些中国同印度之间的商道，称之为喀喇昆仑路线。这条路线曾为中外的经济、文化交流起了一定的作用。

昆仑山与喀喇昆仑山在我国古籍中被称为昆山或南山，而昆仑山在《水经注》中又有阿耨达山之称。

昆仑山是横贯中国西部的高大山脉，也是世界上最长、最大的山脉之一。它西接帕米尔高原，东到柴达木河上游谷地，是一个由许多山脉组成的巨大山系。西端以叶尔羌河上游的塔什库尔干地区的东部与喀喇昆仑山分界，向东一直延伸到四川省的西北部，横跨新疆、西藏、青海、四川等省区。整个山体长约2500公里，平均宽度150~350公里，海拔高度在5500~6000米之间，在新疆境内长约1700公里。它北侧以巨大的高差俯临新疆的塔里木盆地和青海的柴达木盆地；南侧则以一系列的山前洼地、盆地和宽谷与藏北高原、长江源山相分隔。昆仑山虽比不上喀喇昆仑山之陡峭，但山体更为壮阔，其势如巨蟒蜿蜒于亚洲中部，故有“莽昆仑”与“亚洲脊柱”之称。

西昆仑起自帕米尔东部边缘，即自塔什库尔干的东部地区延伸到和田的玉龙喀什河上游。长约600公里，平均宽度为150公里，由提孜那甫山—桑珠山、公格尔山—塔合塔昆仑、塔什库尔干—苏盖提山等三列平行山脉所组成。有7000米以上的高峰3处，6000~7000米的高峰有7处。其中，西端高7719米的公格尔山和7546米的慕土塔格山，东端高7282米的慕土山和6802米的切尔里丘克山，都是西昆仑较高的山峰。它们和其他山岭一起组成了一道巨大的天然屏障，阻住了来自西北的气流，故而形成较多的山地降水，使局部地区生长了茂密的森林。昆仑山林场的大片森林主要分布在横亘莎车、叶城西南部的西昆仑北境地带。

昆仑山脉由于山势高耸，拥有大量的冰川和积雪，因此形成了南疆地区河流、湖泊和地下水的补给源与重要的“固体水库”。除此之外，昆仑山脉还蕴藏着煤、铁、铜、锌等矿产资源与金、铬、钼、钻、镍等稀有金属资源。它们的开发利用，对促进南疆地区经济的发展将起到重要的作用。